郦道元写完《水经注》后不久即身故，留下了这部著作的抄本。隋统一全国后，整理国家藏书，《隋书．经籍志》著录有《水经注》一书的抄本，卷数为四十，是完整无缺的本子，这也是目前所知《水经注》最早的抄本。

唐朝取代隋朝后，《水经注》成为唐朝的国家藏书，《旧唐书．经籍志》与《新唐书．经籍志》均著录为40卷。唐后经五代至北宋初，《水经注》的抄本仍为足本。

北宋景祐年间，崇文院（北宋朝廷的藏书库）整理藏书，编制《崇文总目》，《水经注》被著录为35卷。从这个时候开始，北宋以前的一些类书和地理书所引《水经注》中的泾水、滹沱水、洛水等卷篇就不见了。

事实上，《水经注》的抄本，并不为历代朝廷所独有，民间也有流传。可以确定的是，在唐朝后期，《水经注》已为一般知识分子所喜爱，唐代诗人陆龟蒙有诗“山经水疏不离身”，说明《水经注》已有民间的抄本。到了北宋，此书在民间的流传更为广泛，苏东坡《石钟山记》有文“道元以为下临深潭……”，就引了一整段《水经注》的文字。然而，这些抄本，早已不见影踪。从宋代抄本中钞出的本子，也绝无所闻。元代也没有抄本流传。

到了明代纂修《永乐大典》时，《水经注》被钞录在内，这个抄本一直流传了下来，我们称它为“永乐大典本”。这是我们所知的现存最早的《水经注》的抄本。除了“永乐大典本”，明代还有一些郦学家的私人抄本。比较著名的有柳大中的影宋校本和赵琦美的三校本等，后来也都已失传。

现存的明抄本有两部，一部是稽瑞楼藏本，从宋元刊本中钞出，有清人何焯、顾广圻等校跋，现存北京图书馆；一部是海盐朱希祖旧藏，也是从宋本钞出，有王国维、章炳麟等校跋。另，天津人民图书馆也藏有一部明钞残本，称为“练湖书院抄本”，仅存卷21至24。

清代最著名的《水经注》抄本为天津人民图书馆所藏的“小山堂五校抄本”。这是一部完整无缺的清抄本，卷首有“戊午夏杪篁病翁五校毕漫志于首”的题字，可知是乾隆三年（1738）年全祖望33岁时的校本。正文以外，批注甚多，要旨与赵一清《水经注释》合，可知是赵一清批注。这部抄本熔二人业绩于一炉，是郦学界的宝贵遗产。

《水经注》一书的刊印，出现在北宋中后期。根据已知的资讯，《水经注》的第一种刊本是成都府学宫刊本，刊印年代不得而知，而且早已亡佚。第二种刊本刊于北宋元祐二年（1087年），也已亡佚。现北京图书馆藏有一部残缺的南宋刊本，内容不足全书三分之一。