2021 年疫情期间，慈济基金会采购 BNT 新冠疫苗遭遇诈骗，损失 10.6 亿元新台币。当时参选台北市长的民意代表蒋万安曾抛出说法，要民众选择相信慈济还是相信民进党。对此，台湾地区卫生福利部门前负责人、现台湾地区行政管理机构政务委员陈时中 7 日表示，当初作出不实指控的人，应当向社会道歉。蒋万安则回应称，如果当时台湾地区相关部门能够采购充足疫苗，民间团体就无需集资采购，最重要的是感谢当时民间团体伸出援手。

蒋万安 7 日出席台北市政府员工亲子日开幕活动，被媒体问及当年 “相信慈济还是相信民进党” 的相关说法。针对慈济基金会此次遭诈骗一事，陈时中表示，当初作出不实指控的人应该向社会道歉，同时应当谴责诈骗分子，慈济是受害方，后续相关情况将由司法机关调查厘清。

蒋万安表示，如果当时台湾地区相关部门能够采购足够的疫苗，民间团体也就不需要集资采购。他称，特别感谢调查部门积极查办相关不法案件，同时感谢当时伸出援手的民间团体，也感谢奋战在一线的医护人员辛勤付出。