虽然三峡工程的争议不断，但经过长达四十年的规划、科研、论证工作，三峡工程的兴建议案1992年4月3日最终还是获得了代表的投票通过。可在议案的决策过程之中，许多问题还是得质疑的。

　　据前水电部副部长李锐介绍，在论证的组织过程中，专家们被限制在各自所参加的专业组范围内讨论，不允许他们就有关三峡工程的整体性问题发表意见。例如，水文专家组只许涉及水文资料的问题，地质专家组只负责地质评价。然后，各专题组的专家们就被要求签字对本专题的论证结果负责。实际上，许多专家对三峡工程该不该建、蓄水位多高等重大问题，从无机会公开讨论研究，也无法发表自己的意见。可是，在这种情况下，论证的主持者竟然宣布，在14个专家组的412 位专家中，只有9 位专家未签名同意三峡工程的方案。这种统计结果首先是盗用了专
家们的信誉，因为专家们的签字只是他们各自小专题的研究结果，他们并无机会就三峡工程是否上马、若上马则应建多大规模等关键问题表态。其次，在学术论证问题上，岂能以少数服从多数来判断是非呢，更何况水电部领导在组织论证中得到的所谓“多数”还是个虚假的数！

　　更荒唐的是，由于水电部为了保证论证结果达到部里的预设目标，把各个专题组的研究相互分割、彼此孤立，而丝毫不顾专题组之间相互矛盾的意见是否可能从根本上推翻三峡工程的可行性。例如，泥沙组为了减少泥沙淤积、延长水库寿命，提出的水库运用原则是“蓄清排浑”，即汛期到来时，开闸放水，让带较多泥沙的浑水下泄；而防洪组从汛期的拦洪需要出发，提出的水库运行原则恰恰相反，是“蓄浑排清”。那么，究竟汛期到来时，三峡水库是要关闸蓄洪、减轻下游洪灾呢，还是开闸泄洪，减少库区淤积、加重下游洪灾？蓄了洪就必然严重淤积、水库寿命会大为缩短，保了水库寿命、那三峡水库实际上就根本没有防洪能力。如此显而易见的矛盾，三峡工程论证领导小组居然都假装未发现，而听任泥沙组和防洪组的两个互相矛盾的论证报告都顺利通过。由此可见，论证领导小组真正关心的并不是谨慎小心的论证，而是怎样让论证过关、让工程上马开工。

　　就在如此的论证的基础上，1990年7月6至14日，国务院在北京召开三峡工程论证汇报会，听取论证领导小组关于论证工作和新编可行性报告的汇报。出席会议的有中央领导、民主党派负责人、一些学会的理事长、国务院有关部委与湘、鄂、渝等中上游沿江省市及地区的负责人以及特邀代表、专家共178人。会上，绝大部分人同意论证的结论“建比不建好，早建比晚建更为有利”，少数人有不同意见。最终会议认为：新编可行性报告已无原则问题，可报请国务院三峡工程审查委员会审查。同年12月，国务院三峡工程审查委员会第一次会议决定组织力量审查新编报告，并于次年6月审毕。

　　1991年7月9日至12日，审查委员会召开第二次会议，听取了十个预审组的预审意见。最终，审查委员会一致认为，在重新论证基础上编制的可行性研究报告，其研究深度已经满足可行性研究阶段的要求，可以作为国家决策的依据。

　　1991年8月3日，审查委员会召开最后一次全体会议，一致通过了对长江三峡工程可行性报告的审查意见，认为三峡工程建设是必要的，技术上是可行的，经济上是合理的。建议国务院尽快决策兴建三峡工程，提请全国人大审议。

　　1992年1月17日，国务院常务会议认真审议了审查委员会对三峡工程可行性研究报告的审查意见，同意兴建三峡工程，提请全国人民代表大会审议。

　　1992年2月20日，中共中央政治局开会，听取并讨论了国务院关于三峡工程的意见。

　　1992年3月16日，李鹏总理向七届全国人大五次会议提交了《国务院关于提请审议兴建长江三峡工程的议案》。议案在论述了兴建三峡工程的必要性和紧迫性，三峡工程建设方案，以及技术可行性、经济合理性之后说：“三峡工程规模空前，技术复杂，投资多，周期长，特别是移民难度很大。对于已经发现的问题要继续研究，妥善解决，对今后可能出现的各种困难和问题，要有足够的思想准备。要谨慎从事，认真对待，使工程建设更加稳妥可靠，努力把这项造福当代、荫及子孙的事情办好。”

　　3月21日，邹家华副总理在七届全国人大五次会议全体会议上作了《关于提请审议兴建长江三峡工程的议案的说明》。说明共分七大部分：一、三峡工程的审查过程；二、关于兴建三峡工程的重要性和必要性；三、关于三峡工程的建设方案；四、关于三峡工程的技术可行性；五、关于建设资金筹集的可行性；六、关于水库移民、生态与环境和人防问题；七、对三峡工程决策的建议。

　　经过分组审议，代表于4月3日下午大会表决《关于兴建三峡工程决议》，表决结果是：赞成1767票，反对177票，弃权664票，未按表决器25票。赞成票占全部票数的67.1%，超过半数，《关于兴建三峡工程决议》通过。

　　严格来说，最终的方案获得通过是不恰当的。因为，人代会代表并不了解与三峡工程相关的复杂的技术、经济、生态、社会等问题；何况，提交给人代会的报告根本是水电部“一言堂”的产物，连专家们都不能发表不同意见，怎能强迫人民代表们负起为水电部背书的责任呢？虽然代表们并没有足够、可靠的信息，但不少人还是作出了正确的判断，反对177票，弃权664票，未按表决器25票就是最好的见证。