古码头被拆，只剩下踏板石。 刘汉新摄

大云寺经历过盛世辉煌，也遭遇过萧条衰败，历经坎坷。

惠州文史学者何志成认为，大云寺应该毁于明代。在明嘉靖年间，广东地区曾有过一次范围广大的“毁淫祠”运动。主持这一运动的是广东提学副使魏校。嘉靖元年（1522），魏校认为 「教士以德行为先”，崇儒斥佛，易俗移风，在惠州城乡各地大毁淫祠寺庙，一律改建为书院社学。魏校在惠州毁了多少寺庙，这些寺庙又分别是哪些，史志中并没有明确记载。但从明万历乙未年由杨起元修撰的《惠州府志》中，我们还是可以依稀看出，大云寺被毁，多少是与之有关。杨起元这样记述了魏校：“（石关王庙）其像琢石为之。魏提学使人以锥凿断之，弃之江中。其毁淫祠不可胜数，惟此为酷，……见者皆不忍也。”由此可见，大云寺很有可能就在这“不可胜数”之中。

成氏家族世代住在古庵旁，在此担水生活、乘船外出，家中四代人坚持守护着菊潭古庵。“我从小在这长大，对这里很了解。”70多岁的成广安对古庵有着深厚的感情。成广安介绍，庵堂早年另作他用，先后成为纸板厂、酱料厂、化肥厂，被占用为洗澡房、饭堂等，最后沦为堆放杂物的仓库。

近数十年来，大云寺一直都无专人打理，只剩下残垣断壁，杂草丛生。古庵原本的地面深埋近一米之深，至今只保留下了大门墙基。直到2015年，大云寺在原址范围内重建，进行修缮补漏，开展清理活动，大殿的主要支撑换上了不锈钢梁支架与顶篷，面貌焕然一新。

值得一提的是，作为重要的“苏迹”遗址，大云寺旁还有一千年古码头，苏东坡来大云寺时在此上岸。以前东江无桥，居民大多在此坐船过江，古码头也是一代水北居民共同记忆。然而，记者实地走访，发现古码头早已被填埋，现已踪迹全无，成为市民休闲垂钓之地。对此，专家直呼可惜，呼吁设立标识，恢复建设古码头这一人文景点。